（一） 招標流程有瑕疵
重建工程發包前，招標之準備作業如未完備，則決標作業易出現瑕疵，如違反程序正義原則，或更新會未授權建築師推薦營造廠商的情形下，由建築師私自推薦或遴選特定廠商，就有可能引發決標結果有爭議之情事。如東勢王朝貳期原已進行工程發包作業，惟因程序瑕疵而重新再辦理工程發包事宜，已耽誤後續重建工程之進行。
招標作業由社區授權理監事決定即可或由會員大會決定，一般皆規定在社區更新會之章程內，惟實務上，曾經出現章程規定理監事決定即可，卻發生決標後，會員提出質疑而要求要會員大會決議之情形，故社區更新會在進行招標與決標前，應詳細將發包作業之相關程序告知各會員，以避免爭議。
更新重建案如係申請臨門方案協助者，在通過審查後，必須在六個月內完成簽約及工程發包事宜，並申請首次動用協助價款，如有特殊原因，無法在六個月內完成相關作業與程序時，則由更新會敘明理由申請展延，基金會則視需要予以最長三個月的展延期限，如果更新會提不出申請展延之理由或申請展延後逾期仍無法完成所有程序，基金會為了使捐款發揮最大用途，原核定給該更新會的協助將自動失效。
社區重建工程衍生的利益龐大，其發包作業是進入實質重建的重要階段，為避免發生弊端與爭議，各社區更新會進行發包作業時應格外謹慎，除依據基金會研擬之「築巢專案之臨門方案社區更新重建工程發包作業須知」辦理外，應請更新會委任之建築師及基金會委任之建築經理公司予以必要之協審及參與，以透過公開公正公平之原則，降低住戶疑慮並確保發包作業之正當性與合法性。
（二）工程施作有糾紛
重建工程執行階段，涉及更新會、營造廠、建築經理公司等單位，工程執行初期往往需要透過工程管理單位與各單位協調，其事務繁瑣並具挑戰性，但卻是必要的，因為重建工程品質攸關重建戶是否能住的安心。
重建過程中，曾經出現營造廠商未遵守施工安全與相關規定而產生損鄰糾紛，或是不遵守建築師之監造權而擅自進行工程之施作，或是合約未敘明規格、數量或廠牌等內容，在未經雙方確認之情況下，竟由營造廠私自決定而衍生爭議。如中興國宅社區之重建工程執行階段，出現營造廠提供之續接器未經建築師核驗核可下，無視建築師之現場制止，執意進行澆注灌漿，引發爭議，嚴重違反程序正義原則遭基金會凍結資金，出現停工之情形。
故營造廠與建築師及建築經理公司之間應建立良性的互動溝通管道，並透過營建管理機制與工務會議的協調，在互相尊重與信賴的情況下，重建工程才能順利進行，更新重建完成後，住戶也才能住的安心。此外，更新會與營造廠必須充分尊重建築經理公司於工程合約簽訂與工程施作期間就非關專業技師法定權責外之爭議事項之裁決權，並應具體保證不得有以暴力或恐嚇方式脅迫對方之情事，也不得任意提出「變更材料」與「變更工法」之請求，以使重建工程品質受到保障。
